| 時代 | 年号 | 主な出来事 |
| 戦国 | 1571 | 長崎開港（ポルトガル船が長崎湾入港） |
| 安土桃山 | 1592 | 秀吉、初めて長崎・京都・堺の貿易商人に異国渡海の朱印状を出す |
| （朱印船貿易の始まり） | ||
| 江戸 | 1634 | ポルトガル人のための居留地「出島」着工 |
| 最初のアーチ式石橋「眼鏡橋」架橋 | ||
| 1636 | 出島完成（国内唯一の国際貿易港） | |
| 1689 | 唐人屋敷完成（唐人の市中雑居禁止） | |
| 1702 | 新地蔵所完成 | |
| 1813 | 伊能忠敬測量のために来崎 | |
| 1823 | シーボルト蘭館医師として着任（27歳） | |
| 1854 | 日英和親条約を長崎で調印 | |
| 1859 | グラバー来崎 グラバー商会設立 | |
| 1863 | 南山手にグラバー邸を建てる | |
| 1864 | 海岸道路（バンド）の拡幅を図るため第３次外人居留地造成工事完成 | |
| 1865 | 大浦天主堂（世界遺産）完成 | |
| 坂本龍馬らが来崎し亀山社中を設立（1867年海援隊と称する） | ||
| グラバーが大浦埋立海岸で英国製蒸気機関車アイアン・デューク号を走らせる | ||
| 明治 | 1868 | 日本最初の鉄橋（通称：てつばし）完成 |
| 小菅修船場（通称：そろばんドック）（世界文化遺産）完成 | ||
| 1869 | 新地築き増し工事完成（銅座川形成） | |
| 新地蔵所が地続きになる | ||
| 1873 | 国内における代表的港湾５港の中の１つである１等港に認定される | |
| 1877 | 長崎港第１期改良工事着手（1893年完成） | |
| 1882 | 日見峠新道開削工事着手（国内初の有料道路） | |
| 1897 | 長崎港第２期改良工事着手（1904年完成 出島が消える） | |
| 1899 | 長崎居留地を廃止 | |
| 1905 | 長崎大連航路開設 | |
| 1920 | 長崎港第３期改良工事着手（出島沿岸修築工事） | |
| 1922 | 元船町護岸築造工事着手（1927年完成） | |
| 大正 | 1923 | 長崎上海間に日華連絡船長崎丸就航 |
| 出島岸壁第１期工事完成 | ||
| 1924 | 出島岸壁完成 | |
| 1925 | 長崎大連間に定期航路就航 | |
| 1926 | 長崎都市計画区域が決定 官報に告示 | |
| 昭和 | 1929 | 日見トンネルが開通 |
| 長崎市に初めて用途地域が指定される | ||
| 1930 | 長崎港駅が開業し日華連絡船と連絡される | |
| 1940 | 三菱造船所で戦艦武蔵が進水 | |
| 1941 | 日華連絡船上海丸沈没 日華連絡船に終止符を打つ | |
| 1945 | 長崎市に原爆投下 終戦を迎える | |
| 1947 | 長崎港を長崎県に移管（長崎港は県営港湾となる） | |
| 1950 | 港湾法施行(昭和25年5月31日法律第218号） | |
| 1951 | 重要港湾に指定される | |
| 1952 | 長崎県が長崎港湾管理者に認定される | |
| 1958 | カロニア号がクルーズ客船として初めて長崎港に入港 | |
| 1960 | 臨海工業地帯と宅地造成のため小ヶ倉海面埋立事業を完成（1962年完成） | |
| 1964 | 長崎港湾施設が都市計画法による臨港地区に指定される | |
| 第１次外港整備計画に伴い小ヶ倉柳地区外貿埠頭に着手（1972年完成） | ||
| 1966 | 深堀香焼間工業用地造成工事に着手（1969年完成） | |
| 1970 | 港湾審議会で第２次長崎外港整備計画を承認 | |
| 毛井首工業用地造成工事に着手（1979年完成） | ||
| 1972 | 第２次外港整備計画に伴い神ノ島皇后埠頭用地造成事業に着手 | |
| 1976 | 小江木材工業用地造成に着手 | |
| 1985 | 松が枝国際観光船用バースの供用開始 | |
| 1988 | ﾅｶﾞｻｷ･ｱｰﾊﾞﾝ･ﾙﾈｯｻﾝｽ2001構想の一環として内港再開発事業に着手 | |
| 平成 | 1995 | 福田マリーナ供用開始。長崎港ターミナルビル（ビックビット）が完成 |
| 1997 | 小ヶ倉柳埠頭の可動式クレーン施設供用開始 | |
| 1999 | 韓国・釜山との間にコンテナ航路が就航 | |
| 2002 | 長崎出島ハーバー供用開始 | |
| 2003 | 水辺のプロムナード全面供用開始 | |
| 2004 | 長崎水辺の森公園全面供用開始(2004.3.27オープン） | |
| 三菱造船所で10万トン級のｸﾙｰｽﾞ客船「ﾀﾞｲﾔﾓﾝﾀﾞ･ﾌﾟﾘﾝｾｽ」が就航 | ||
| 2005 | 松が枝地区10万総トン級対応岸壁の整備着手 | |
| 長崎港の両岸を結ぶ女神大橋が開通 | ||
| 2007 | 小ヶ倉柳地区埠頭の再編に着手 | |
| 2009 | 松が枝国際観光船埠頭（10万総トン級客船対応）の完成 | |
| 2010 | クイーン・メリー２初入港（15万総トン級） | |
| 松が枝国際ターミナルビル供用開始（2010.3.26） | ||
| 2011 | 上海航路復活記念便出航（2011.11.3) | |
| 長崎ー五島航路新フェリー「万葉」が就航 | ||
| 2012 | 松が枝国際ターミナル第2ビル供用開始（2012.8.9） | |
| 2015 | クァンタム・オブ･ザ･シーズ初入港（16万総トン級） | |
| 2017 | 小ヶ倉柳地区ガントリークレーン供用開始 | |
| 2018 | みなとオアシス登録 | |
| 松が枝国際観光船埠頭の延伸（16万総トン級客船対応） | ||
| 2019 | 小ヶ倉柳地区 埠頭拡張整備の完了 | |
| 令和 | 2020 | 松が枝国際観光船埠頭2バース化事業(16万総トン級×2バース)着手 |
| 2021 | 開港450周年 |